福建医科大学研究生院（yjsy.fjmu.edu.cn）自1981年国务院学位委员会实施学位制度始，学校即获得硕士学位授予权并从当年开始招收硕士研究生，随后于1990年获得博士学位授予权，至此建立了完整的“学士—硕士—博士”人才培养体系。1999年成立研究生处，2008年成立研究生教育学院，2014年成立研究生院。

学校研究生教育经过近40年的发展，现已拥有博士学位授予权一级学科6个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学），博士专业学位授予权学科2个（临床医学博士、口腔医学博士）；硕士学位授予权一级学科9个（生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学、医学技术、公共管理）；硕士专业学位授予权学科9个（应用心理硕士、社会工作硕士、生物与医药硕士、临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、药学硕士、公共管理硕士）。

学校具有招收“5+3”一体化、接收同等学力人员申请硕士学位、在职医师攻读临床医学和口腔医学博士专业学位（简称“在职博士”）及面向港澳台招收硕士研究生以及招收海外留学研究生的资格，形成了多种形式、多条渠道培养研究生的新格局。在省内和部分省外高等级医院和科研院所开展研究生培养工作。

经过长期的导师队伍建设，形成了一支包括国内外知名高校引进人才、特聘教授和集福建省优秀医学人才在内的高水平导师队伍，现有博士生导师377人，硕士生导师1776人。入选“万人计划”、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、国家/卫生部有突出贡献中青年专家、教育部新世纪优秀人才支持计划人选、教育部骨干教师等国家级高层次人才47人次，“南丁格尔”奖章获得者2人，历年享受国务院特殊津贴专家125人，国家级教学团队和全国高校黄大年式教师团队2个，福建省“百人计划”、福建省“外专百人计划” 、福建省特级后备人才、“雏鹰计划”青年拔尖人才等省级高层次人才509人次；福建省高等学校科技创新团队8个；福建省博士生导师团队3个、硕士生导师团队6个。

目前学校在读博士研究生541人，硕士研究4358人。自开展研究生教育以来，我校共招收博士研究生1537人，毕业986人；招收硕士研究生16538人，毕业12776人；授予在职人员以研究生同等学力申请硕士学位1973人。

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